Trung tâm Kiểm soát bệnh tật (CDC) tỉnh Quảng Ngãi được thành lập trên cơ sở sáp nhập các đơn vị: Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm Sốt rét, Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS, Trung tâm Sức khỏe sinh sản, Trung tâm truyền thông giáo dục sức khỏe và Trung tâm Da liễu - Phong tỉnh Quảng Ngãi theo Quyết định số 1499/QĐ-UBND ngày 17/08/2017,  Quyết định số 1546/QĐ-UBND ngày 10/09/2018 và Quyết định số 982/QĐ-UBND ngày 07/07/2020 của UBND tỉnh Quảng Ngãi, với 03 Phòng Chức năng: Kế hoạch Nghiệp vụ, Tổ chức Hành chính, Tài chính Kế toán và 11 Khoa, phòng: Khoa Phòng chống Bệnh Truyền nhiễm, Khoa Phòng chống Bệnh không lây nhiễm - Dinh dưỡng, Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng; Khoa Phòng chống HIV/AIDS, Khoa Sức khỏe môi trường-Y tế trường học-Bệnh Nghề nghiệp, Khoa KIểm dịch Y tế quốc tê, Khoa Sức khỏe sinh sản, Khoa Truyền thông giáo dục sức khỏe, Khoa Dược và Vật tư ytế, Khoa Xét nghiệm-Chẩn đoán hình ảnh-Thăm dò chức năng và Phòng khám đa khoa - Da liễu, tọa lạc tại 03 cơ sở: